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Omicron aurait-il pu évoluer chez la souris ? De nouvelles recherches peuvent indiquer que oui, la variante hautement infectieuse du SRAS-CoV-2 connue sous le nom d’Omicron peut avoir passé des humains aux animaux, puis revenir.

Une étude évaluée par des pairs intitulée « Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant « , publiée dans le numéro du mois dernier du Journal of Genetics and Genomics, examine l’accumulation rapide de mutations dans la variante Omicron et tente de comprendre comment , et pourquoi, le virus a acquis de telles mutations.

La mutation Omicron a été détectée pour la première fois par des scientifiques sud-africains le 24 novembre 2021 et a été classée comme variante d’intérêt par l’Organisation mondiale de la santé, principalement en raison de sa propagation rapide et d’un nombre élevé de mutations inhabituelles.

Alors que deux théories dominantes existaient déjà parmi les scientifiques pour expliquer exactement comment Omicron s’est développé, une équipe de chercheurs de l’Académie chinoise des sciences de Pékin a trouvé des preuves d’une troisième théorie – qu’Omicron pourrait avoir muté et évolué chez la souris.

La première théorie sur la façon dont Omicron a évolué si largement sans être détecté jusqu’en novembre, émet l’hypothèse qu’il aurait pu se propager de manière cryptée, se développer et muter dans une population avec une surveillance virale et une technologie de séquençage insuffisantes. Dans ce cas, il aurait pu se propager sans être détecté jusqu’à ce qu’il atteigne l’Afrique du Sud, où la technologie de pointe s’en est emparée.

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Cependant, les chercheurs ont suggéré que ce scénario est hautement improbable, car les étapes intermédiaires de l’évolution d’Omicron auraient dû encore être prises par les personnes voyageant entre les pays.

La deuxième hypothèse suggère qu’Omicron aurait pu se développer chez une seule personne, un patient chroniquement infecté, qui a fourni un environnement hôte approprié pour que le virus mute et s’adapte sur une longue période de temps. Ce phénomène a déjà été observé chez des patients atteints de COVID-19 chronique dont le système immunitaire est affaibli, mais jamais dans la mesure observée chez Omicron, qui a accumulé plus de 50 mutations.

Insatisfaite de ces deux options, l’équipe de recherche de Pékin a entrepris d’étudier la possibilité d’une troisième option – une qui a émis l’hypothèse qu’une mutation antérieure transférée des humains aux souris au cours de l’année 2020, a muté tranquillement en se propageant parmi les souris pendant plus d’un an, avant un retour à l’homme par zoonose vers la fin de 2021.

Depuis le début de la pandémie, le SRAS-CoV-2 a prouvé à plusieurs reprises qu’il est capable de se propager à d’autres espèces avec une relative facilité. Il a été détecté chez les chats et les chiens, les hyènes et les hippopotames, chez les furets et les hamsters , et même chez un léopard sauvage. En fait, des millions de visons ont été abattus dans des fermes à travers l’Europe en 2020, après que le virus a été découvert en circulation parmi les espèces.

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Il n’est donc pas hors du domaine de l’imagination de suggérer qu’il aurait pu sauter aux souris à tout moment au cours des deux dernières années.

Afin de prouver leur hypothèse, l’équipe de recherche a identifié les mutations acquises par Omicron avant son apparition et a testé si oui ou non le spectre moléculaire des mutations était compatible avec l’environnement cellulaire des hôtes humains.

Selon des études antérieures menées par la même équipe, de nombreux génomes de virus à ARN de novo ont tendance à capter davantage de mutations dans des bases particulières, selon l’espèce à l’intérieur de laquelle ils se répliquent.

Cela signifie que les génomes du virus dépendent de processus et de mécanismes spécifiques à l’espèce pour se diviser et évoluer, et par conséquent, des types de mutations spécifiques seront très répandus selon l’espèce dans laquelle le virus a évolué.

Dans ce cas, lors du test des mutations d’Omicron avant l’épidémie, l’équipe de recherche a découvert des dissemblances importantes entre le spectre moléculaire d’Omcron et le spectre moléculaire de plusieurs variantes différentes connues pour avoir évolué chez l’homme, y compris celles de trois variantes qui ont évolué dans la maladie chronique. Patients COVID-19.

Par conséquent, la structure moléculaire d’Omicron était incompatible avec le spectre moléculaire standard des variants qui s’étaient développés chez l’homme.

À la lumière de cette découverte, les scientifiques ont cherché à déterminer quelle espèce hôte non humaine aurait pu être responsable des mutations virales. Pour ce faire, ils ont récupéré 17 séquences de virus des hépatites murines (souris), 13 coronavirus canins, 54 coronavirus félins, 23 coronavirus bovins et 110 deltacoronavirus porcins (porcs).

L’équipe de recherche a ensuite travaillé pour comparer le spectre moléculaire d’Omicron avec les spectres moléculaires de ces séquences, en utilisant des analyses basées sur l’amarrage moléculaire pour déterminer si les mutations de la protéine de pointe d’Omicron pouvaient être associées à des adaptations faites par le virus chez d’autres espèces hôtes.

Et en effet, les chercheurs ont découvert que les mutations de la protéine de pointe Omicron avaient un chevauchement significatif avec les mutations du SARS-CoV-2 adapté à la souris.

Plusieurs des mutations d’Omicron ont permis à la variante du coronavirus de se lier étroitement aux souris et aux rats, mais n’auraient pas été aussi efficaces lorsqu’il s’agissait de se lier aux humains, ce qui rend très peu probable qu’elles se développent ailleurs que chez les rongeurs.

Alors qu’à l’origine au début de la pandémie, les souris avaient été signalées comme de mauvais hôtes pour le virus, car différentes variantes sont apparues, plusieurs ont réussi à infecter les souris. Par exemple, les variantes hébergeant la mutation de pointe spécifique N501Y étaient relativement courantes chez les patients humains, mais elles étaient également capables d’infecter les souris, permettant potentiellement à la maladie de passer de l’homme à la souris et de se propager parmi les espèces de rongeurs.

Une fois le saut de l’humain à la souris effectué, l’infection aurait alors pu se propager librement parmi les souris, évoluant et s’adaptant indépendamment, même si d’autres variantes telles que Delta continuaient de se propager à travers l’homme, jusqu’à ce qu’une opportunité se présente pour la variante de souris alors complètement mutée. pour retomber dans l’espèce humaine.

De plus, la recherche a suggéré que, tout en évoluant chez la souris, le virus a développé des mutations associées à l’évasion immunitaire, expliquant sa propagation rapide chez l’homme.

Cette étude, a souligné l’équipe de recherche, met en évidence « la nécessité d’une surveillance virale et d’un séquençage chez les animaux, en particulier ceux en contact étroit avec l’homme ». En effet, les humains sont le plus grand groupe connu de porteurs du SRAS-CoV-2 et entrent fréquemment en contact avec d’autres animaux, qu’il s’agisse d’animaux de compagnie, d’animaux sauvages ou de bétail.

« Compte tenu de la capacité du SRAS-CoV-2 à traverser diverses espèces, il semble probable que les populations mondiales seront confrontées à d’autres variantes d’origine animale jusqu’à ce que la pandémie soit bien maîtrisée », a conclu l’étude.



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